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农业是通过培育动物植物取得产品的社会生产部门，我国的农业包括种植业、林业、畜牧业、副业和渔业。按照现行的财政管理体制和经济部门分类，我国广义的农业部门系统包括农业(含农垦、农机、水产)、林业(含森林工业)、水利、气象、土地管理等。
农业资金是指国家或地方各级人民政府支持农业和农村经济发展的资金。农业资金审计是指审计机关依法对这些资金收支的真实、合法、效益进行监督的行为。农业资金审计的对象包括了农业部门筹集、投入、分配、管理、使用国家农业资金以及执行国家有关农业和农村经济政策的部门和单位。根据资金来源，农业资金审计涉及以下几类。
农业事业资金和专项资金是国家或地方财政在一般预算中安排的，用于维持农业事业的正常运行，专项发展某些与农业、农村、农民有关项目的资金。主要有：农林水利气象等部门的事业费、基建支出、科技三项费用、教育事业费、科技事业费等，农林水利气象企业挖潜改造资金，支援农村生产支出，农业综合开发支出，支援不发达地区支出，三峡工程移民经费，等等。
农业专项基金是国家或地方财政在基金预算中安排的基金。主要有：新菜地开发基金，灌溉水源灌排工程补偿费，中央大江大河治理工程基金，中央防洪工程基金，地方水利建设基金，等等。
预算外农业资金是国家或地方政府及其有关部门用掌管的预算外收入专项安排的资金。主要有：农林水利气象等部门掌管的预算外资金，财政支农周转金，支援不发达地区周转金等。
政策性农业专项指通过农业银行等金融机构专项安排的用于农业的。主要有：扶贫，扶贫贴息，农业综合开发，扶持粮棉大县发展经济，高产优质高效农业示范区，节水打井灌溉等。
国外援款指国家通过双边或多边合作取得的国际组织或外国政府援助用于农业的款项。另外，国有土地使用权有偿使用的收入，包括国有土地出让金和土地收益金、土地增值费等财政收入的征集、分配、管理、使用也属于农业资金审计的范围。
农业资金审计是国家审计机关特别是县级审计机关的一项重要业务工作，开展农业资金审计的主要目的是为了加强对农业资金的管理，保证农业资金发挥应有的效益。
通过财政预算安排一定的支持农业和农村经济发展的资金，是加强农业基础地位所必需的。但是，各级财政部门实际安排财政预算时，有的不如数安排，有的年初如数安排，年中又调作他用，使人民代表大会通过的年度预算在执行中走样、落空，这是违反《预算法》有关规定的行为。审计机关在预算执行审计中，对财政部门是否足额安排农业资金进行审计检查，纠正挤占挪用农业资金的行为，促使农业资金从源头上得到保证，同时也维护了预算的严肃性和人民代表大会制度的权威性。
使用分散，管理部门多，拨付途径长是农业资金的特点。中央财政资金、地方财政资金、银行或贴息，经过各级政府各个部门拨付到使用单位，有的还要拨付到农户，需要经历多道环节，稍有不慎，农业资金就有流失的可能。审计机关通过对农业资金审计的管理、拨付进行审计，促进有关部门加强管理，保证资金能够如数到达使用单位或农民手里，防止跑冒滴漏；同时要监督有关部门，按照资金既定的用途分配使用，防止挤占挪用；还要严厉查处虚报冒领、贪污私分等违法行为。
农业资金是在国家财政不十分富裕的情况下安排的专项资金，应当合理使用，保证发挥应有的效益。审计机关通过对农业专项资金的审计，监督有资金安排分配权力的部门，按照经过批准的数额向计划内项目分配资金，不得层层截留抵扣，不得向计划外项目分配资金；监督资金使用单位，厉行节约，加强管理；督促有关部门加强对农民的教育，确实将国家安排的资金用于指定的项目，保证项目目标的实现，最终使农业发展、农民增收、农村繁荣。(四)落实党中央、国务院关于加强农业的决策
党的十一届三中全会之后，中国农村改革极大地解放了生产力，粮食产量连登新台阶，农业发展创造了前所未有的奇迹。但是目前仍然存在一些困扰农业发展的问题，生产环境恶化，水旱灾害频繁，农业基础设施脆弱，耕地逐年减少，经济的快速发展及人民生活水平的日益提高给农业造成了巨大压力等。解决农业面临的问题仍然要一靠政策、二靠科技、三靠投入。审计机关对农业资金的审计，除保证投入的足额、稳定、合规合法之外，很重要的方面就是要检查党中央、国务院一系列农业政策的落实情况，如加强农业的基础地位政策、加快农业发展政策、加大农业投入政策、富民政策、减轻农民负担政策、开发性扶贫政策、保护耕地政策等，从而促进各级政府及其主管部门重视农业、重视农民、重视农村工作。
农业资金审计的内容主要是审查预算资金安排、预算外资金筹集安排、政策性安排的合法性和合规性，资金拨付投放是否及时，资金管理是否严格，项目计划的完成情况，资金使用是否取得预期效益等。具体项目及审计内容有：
根据《农业法》的要求，国家要逐步提高农业投入的总体水平，各级财政每年对农业总投入的增长幅度应当高于财政经常性收入的增长幅度。县级以上各级人民政府应当按照国家有关规定，以耕地占用税的全部、农林特产税的大部分和乡镇企业、企业、农村个体户税收的增收部分，设立农业发展专项基金。
农业总体投入审计就是要检查各级政府和资金主管部门是否认真贯彻了国家的农业投入政策，审计的范围是各级财政和政策性银行投入的农业资金，包括财政预算内直接对农业的投入、非经营性农业基本建设投资、银行发放的低息或财政贴息农业、各级计委下达的以工代赈资金等。
农业总体投入审计的内容包括：农业资金的来源、投入总量、投向构成情况，上级拨款和本级实际投入的比例，本级农业投入占同级财政经常性收入比重的增减变化，农业基本建设投资在本地区基本建设总投资中比重的增减变化，本级农业发展基金的征集、分配、使用情况，财政和其他主管部门有无截留、挤占挪用支农资金的问题；检查专项的投入总量，长期所占数量和比重，农业有无用于非农业项目；以工代赈的资金或物资的实际投入是否合理、适用，有无挪用或损失浪费。
近几年在农业总体投入审计方面发现的问题主要有：财政预算内投入农业的资金总量不能保持稳定增长，有的地方甚至有较大幅度的下降；农业发展基金筹集政策执行不力，已征的农业发展基金有被财政占用或用于非农业的现象；相当一部分县未安排农业基本建设投资，中央关于县级政府机动财力应主要用于农业的要求贯彻不力；资金管理使用方面的存在违纪违规和损失浪费。这些问题揭示后，引起了各级政府的重视。
1988年起，为了提高粮、棉、油、肉、糖等主要农产品的生产能力，促进传统农业向现代农业转变，国家实施了农业综合开发的举措，即：在坚持家庭联产承包责任制前提下，国家集中财力，分批选择部分地区，通过高标准改造成片中低产田，适度开垦宜农荒地，因地制宜发展多种经营及龙头项目，改善农业基本生产条件，其目标是实现农业增产农民增收。国家每年为农业综合开发投入巨额资金，且逐年增长，从1988年到1997年，累计投入548亿元，其中中央财政投入157亿元。惠及全国1310个县，项目区农民人均纯收入增加较快。为促进国家和地方农业综合开发资金投入到位，加强管理，提高资金使用效益，国家审计机关连续对农业综合开发资金进行了审计，并成为国家验收的必经程序。
农业综合开发审计的主要内容是：国家农业综合开发办公室立项批准的项目实施的情况；地方财政按照要求的比例安排配套资金的数目，资金是否及时下拨，有无滞留占用或挤占挪用；专项的数额、投向、利率是否严格执行了规定；项目按期完成情况，有无因管理不善造成损失浪费的问题。
通过审计，检查并纠正了一些地方资金管理部门和用款单位滞留占用、挤占挪用、虚报冒领财政资金以及改变专项投向、擅自提高利率发放专项的问题，还发现一些地方没有按计划足额落实财政配套资金，一些金融机构没有按照信贷计划发放专项，有的将农业综合开发的指标转作他用。审计机关依照有关规定，追回挤占挪用资金，督促地方配套资金和银行到位，积极配合开发项目的验收，促进了各地项目计划的完成，使资金管理得到加强，违纪违规率大幅下降。
我国还有一部分农民由于生产生活条件恶劣，缺少劳力、资金、生产技术，或因天灾人祸等原因，尚未摆脱贫困境地。据调查统计，1985年全国农村人均年纯收入在200元以下的约有10200万人，占农村总人口的122%，其中150元以下的3643万人，占44%。党中央和国务院十分重视扶持贫困地区尽快改变面貌，“七五”期间，国家安排的扶贫专项资金(包括支援不发达地区发展资金、“三西”农业建设专项补助资金、以工代赈资金和扶贫)每年约50亿元，“八五”期间，则增加到每年80亿元。与此同时，地方各级政府也逐年增加了扶贫资金的投入。这些扶贫资金的投入和国家制定的各项扶贫政策，有力地促进了贫困地区的经济发展，加快了贫困地区脱贫致富的步伐。到1993年底，全国农村贫困人口没有完全稳定解决温饱问题的贫困人口已经减少到8000万人，占全国总人口的比重约65%。
为促进国家各项扶贫政策的落实和扶贫资金的合理、有效使用，审计署组织全国审计机关进行了五次大范围的扶贫资金审计。其中，1997年的审计涵盖了全国592个国定贫困县。审计发现，扶贫专项资金在投入、管理和使用方面存在的问题主要有：挤占挪用扶贫资金22亿元，地方财政部门占用扶贫资金发工资，主管部门和用款单位挤占挪用扶贫资金弥补行政经费、建房购车，擅自改变扶贫用途；提高利率，预扣利息；地方欠配套资金40亿元，部分省将配套任务逐级下派，县财政无力支付，配套落空；中央安排的扶贫资金应当要集中投放在国定贫困县，审计发现有50亿元安排给了非国定贫困县；扶贫明显偏离扶贫目标，扶富不扶贫；一些地方将支援不发达地区发展、以工代赈等无偿财政性资金实行有偿使用，收取占用费，影响财政性资金用于基础设施建设。对上述问题，各地审计机关按规定进行了严肃处理，审计署向国务院提出了专门的审计情况报告。
改革开放以前，我国国有土地实行无偿使用，1984年之后逐步实行了国有土地使用权有偿使用制度。国有土地有偿使用收入归中央政府和地方政府所有，由财政部门统一负责征收管理，国有土地使用权出让金由土地部门代缴，土地收益金(土地增值费)由房地产部门代收代缴，纳入财政预算管理。
国有土地使用权有偿使用制度实行过程中，在出让土地使用权的审批、各项土地税费的征管用等环节都暴露出了不少问题。如：越权批地、多部门批地现象严重，非法出让、转让，占而不用，“炒地皮”、乱占乱用耕地，以及不按规定征收、管理、使用出让金等。造成政府对土地出让缺乏高度垄断，土地闲置，耕地资源受到破坏，国有土地使用权出让金不能及时足额收缴财政。
审计机关开展的国有土地使用权出让审计，就是要及时、准确了解、掌握国有土地使用权出让金的征、管、用的情况，监督、检查地方政府是否依法出让土地使用权，是否按规定征收、管理、使用土地出让金。1996年审计署组织了各级审计机关对全国国有土地使用权出让金的审计，结果表明：土地使用制度的改革产生了巨大的经济效益和社会效益，促进了土地资源的合理利用，但土地出让金的征收、管理和使用还存在不少问题：越权批地问题突出；有些地方没有按规定收取土地出让金，查出减免、欠征出让金298亿元；财务管理松懈，挪用出让金41亿元；出让金脱离财政部门“体外循环”647亿元。
新菜地开发建设基金，是在城市建设中征用菜地的政府、部门、单位缴纳的用于开发建设新菜地和改造老菜地的专项基金。该项基金只能用于：为开发建设新菜地必须进行的开沟挖渠、埋管、打井、修路等基础工程及其设备购置；新菜地的平整、加工、改良和培肥；为弥补新菜地供菜不足而对老菜地进行改造、挖潜必需的基础设施和添置必要的设备；为开发建设新菜地所必需的勘测规划、技术培训、科学实验等开支。任何单位和个人不得将新菜地开发建设基金挪作它用。
新菜地开发建设基金审计的内容主要是：占用城市郊区连续3年以上常年种菜或养鱼的菜地、鱼塘应征收建设基金，审计中要检查是否严格按此范围征收，有无扩大或缩小征收范围的问题；占用菜地或鱼塘，要按每亩3000元至1万元征收建设基金，审计中要审查是否足额征收，有无乱收、少收、拖欠等；所收取的基金应专户储存，由市人民政府责成农业和蔬菜生产主管部门按规定的用途使用，审计中要检查有无挪用。审计署曾组织地方审计机关对107个大、中城市1987年、1988年两年新菜地开发建设基金的征收使用情况进行审计，审计查明应征基金104亿元，少征41亿元，挤占挪用13亿元。
水利建设资金是中央和地方政府用于江河堤防建设、防汛岁修、城市防洪、小型农田水利、水土保持、水资源工程建设等方面的专项资金。其资金来源主要有两个，一是财政安排的水利基本建设支出、水利事业费；二是中央及地方各级政府建立的水利建设基金。中央水利建设基金的来源是从车辆购置附加费、市话初装费等中央政府性基金中提取3%，地方水利建设基金的来源是从养路费、市场管理费、征地管理费等地方性政府基金中提取3%。中央水利建设基金主要用于关系国民经济和社会发展全局的大江大河重点工程的维护和建设，地方水利建设基金主要用于城市防洪和中小河流湖泊的治理维护和建设。水利建设与农业生产和人民生活有直接的关系，更关系到人民群众的安危，经历过“九八”特大洪水之后，则有更深刻的体会，因此水利资金必须专款专用，任何挤占挪用都是对人民的犯罪。
水利建设资金审计的主要内容是：审查评价水利建设资金的筹集、投入、管理和使用情况，监督国家相关政策的落实，促进各级政府及财政、计划、水利等部门和农业银行等金融机构、水利建设资金的使用单位各司其责，提高资金的使用效益和效率。审计水利基本建设支出、水利事业费，主要审查是否按照批准的预算足额安排了资金，有无用于其他方面或没有完成预算；资金是否用在了批准的项目上，有无擅自改变项目，将生产性资金用于建房购车、弥补行政经费等非生产性项目；项目支出是否真实、合法，有无虚列支出、挪用资金的问题；项目是否按照计划完成并能够正常发挥作用。审计水利建设基金，主要审查各级政府是否按照国务院的要求建立了水利建设基金征集制度，是否按规定足额筹集并纳入预算管理；使用方向是否符合要求，项目支出是否合规合法，本年结余资金是否全部结转下年使用。
1998年审计署组织地方各级审计机关对全国1997年水利建设资金进行了审计，国务院办公厅就审计结果向全国发出通报。通报的问题主要有：国务院关于建立水利建设基金的决定在相当多的地方尚未落实，有12个省、自治区、直辖市没有按规定建立基金，其他19个省只征集到30%；挤占挪用水利专项资金用于平衡预算、弥补行政经费、建房买车等问题严重；采取虚报冒领和乱摊派等手法挖挤国家水利建设资金；主管部门滞留、欠拨水利专项资金，地方配套资金不到位；擅自改变项目投资计划，违规将水利投资实行有偿使用。(七)三峡移民资金审计
长江三峡工程是集防洪、发电、航运、旅游等综合效益于一体的举世瞩目的宏伟工程，它的建成将解除长江中下游地区的水患威胁，大幅度增加电力供应能力，有效地改善长江航运、城镇供水和农业灌溉。三峡工程涉及湖北省和重庆市的21个县(市、区)。工程建成后，将全部或部分淹没2座城市、11座县城、1114个集镇，需搬迁的人口静态为84万人。到2009年三峡枢纽工程全部建成时，动迁人口将达到110万人。三峡移民是三峡工程的重要组成部分，投资巨大，经国务院批准，按1993年5月的价格水平计算，静态补偿概算投资400亿元。党中央、国务院对三峡移民工作十分重视，确立了开发性移民的方针和中央统一领导、分省负责、县为基础的移民资金管理体制。
为确保三峡移民资金的安全、合理、有效使用，审计署决定自1995年起到三峡工程完工，统一组织库区审计机关连续对三峡移民资金进行审计。三峡移民资金审计的主要内容是：审查移民资金计划执行情况，有无未经批准擅自改变移民资金年度计划或虚报投资计划套取资金的问题；是否按计划及时足额拨付资金，有无应拨未拨、向计划外项目拨款的问题；移民资金是否专户存储、专户管理；移民资金财务核算是否真实、合法，有无虚列支出、截留转移、挤占挪用；移民建设工程项目是否按规定程序进行公开招标、投标，承包企业资质条件是否符合规定；移民建设项目竣工决算是否真实，有无高估冒算；移民计划是否如期完成，农村移民耕地等生产条件是否具备，公路、通讯、电力、港口等专业设施是否按期完成迁建，搬迁后的企业是否及时投产、有无因项目选择不当、经营管理不善而造成新的亏损等。
1998年底，审计署首次向社会公开当年的三峡移民资金审计结果，引起媒体广泛关注和社会强烈反响。审计揭示的主要问题有：挤占挪用移民资金盖宿舍办公楼宾馆、借给企业经营、平衡财政预算等23亿元；擅自改变资金计划、工程管理松懈的问题仍较严重；以前年度审计查出的问题有相当部分未整改；有些地方农民生产安置计划完成情况上报不实，部分已安置移民生活保障存有隐患；部分工矿企业迁建后效益不好；城集镇迁建超标准征用土地，乱收乱用基础设施费问题突出。
扶持粮棉大县发展经济专项是国家为建设高产优质高效农业示范区、扶持粮棉大县发展农村经济而设立的，每年安排65亿元，中央财政适当贴息，在全国选择535个商品粮大县、150个优质棉大县发放，集中扶持。其目的是通过国家专项的支持，使粮棉大县的粮棉生产稳定增长，农村经济综合实力有较大提高，农民收入有较多增加，在粮棉主产区探索强县富民的新路子。
扶持粮棉大县发展经济专项审计的主要内容是：检查计划执行情况，省级农业银行是否安排了计划，县农业银行是否按上级批准的专项计划执行，有无将专项贷给非计划内项目单位；资金是否按计划及时、足额投放到用款单位；不允许用此项抵顶收回其他陈贷，不允许自行提高利率，审计中应审查执行情况；专项的使用单位应按批准的计划执行，审计中应检查有无随意变更建设内容和建设规模、改变专项用途甚至用此项建房买车安排其他非生产性建设；建设项目、资金使用是否达到计划规定的效益。
各地对扶持粮棉大县发展经济专项的审计结果表明，发放专项是为广大农民办的一件好事、实事，促进了粮棉大县生产稳定增长，加强了农村社会化服务体系建设，增强了当地的综合经济实力，取得了较好的效益。发现的主要问题是：有的地方专项未足额投放；有的随意改变投向和建设内容，用于与农业无关的项目；部分项目盲目上马造成损失浪费；财政贴息不及时，手续繁琐等。
