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值得注意的是，虽然早在8200年前南方也开始出现家猪，但饲养家猪在南方居民获取肉食资源的活动中并没有成为主流。从那时一直到距今4000年左右的史前时期结束之际，南方地区各个遗址出土的动物骨骼中包含大量的鱼骨。此外，野生动物的种类也很多，其中尤以鹿科动物的数量最多，可见当时的捕鱼和狩猎活动都很兴盛。
唯一的特例出现在距今5000至4000年的良渚文化时期，家猪骨骼在出土的动物骨骼中突然占据多数，显示出家猪饲养在这个时期成为获取肉食资源的主要活动。这一时期，南方的稻作农业甚至一度超越了北方的旱作农业，水稻种植已经传播到北方的黄土高原和山东地区。不过这只是昙花一现，在良渚文化之后的马桥文化的遗址里，南方又回复到原来那种渔猎为主获取肉食资源的状态。
可是，猪是杂食性动物，除了吃草以外，还会与人争食，这对于农业刚刚起步的人类来说是个双刃剑。依据对距今4000多年的陶寺遗址中出土的人骨与猪骨的食性分析，考古人员发现人和猪都摄取过大量的C4植物。因为小米是C4植物，所以可以推测当时的人与猪都吃小米，或者更确切地说，人吃的是小米，而猪吃的可能是小米的壳。“说明当时的粮食生产已经有了充足的剩余。”袁靖说。磁山遗址里发现了300余个长方形的土坑，其中80个土坑里放有小米，考古学家将这些小米依照体积换算成重量，达5万公斤之多。
从遗址中家猪死亡的年龄上来推断，古人对家猪的饲养认识也越来越深刻。在距今8000年的磁山时期，被宰杀的猪大多在0.5～1岁，而距今4500年前的龙山时期，则多为1岁。“从饲养效率上看，1岁左右的家猪是产肉率最高的，小了，肉还没长够，大了，长肉的速度变慢，与所消耗的粮食不成比例，就不值了。”袁靖解释说。
对中国人来说，猪的重要性不言而喻，直到今天仍是最主要的肉食来源。仅从文字结构上就可以看出，“家”字就是院子下面一个“豕”，即为猪的意思，而人死了被埋葬的坟墓称为“冢”，也少不了一个“豕”。研究古代饮食的中国社科院考古研究所研究员王仁湘向本刊记者强调：“古人生死都离不开猪，可以说，猪成为古代农业社会构成家庭的基本要素。”
除了被人食用以外，家猪还成为人们用来沟通神与人之间关系的工具。在史前社会的墓葬遗址中，往往会发现整只猪和狗的遗骸，后来演变为单纯的猪头和猪下颌骨，但数量却不断增加，这种情况在黄河流域尤为明显。在甘肃永靖秦魏家遗址齐家文化的一座墓葬中，随葬的猪下颌数量多达68块，说明当时家猪的饲养规模已经相当可观。有考古学家推测这种祭祀模式，除了纪念亡者和祈求上苍外，还是一种财富的象征。
与中国农业起源几乎同时，世界上还存在几大农业起源中心，它们都集中在北纬30度附近的狭长地带。在西亚地区的“新月形沃土”，即现今的巴勒斯坦、约旦、以色列和叙利亚，以及土耳其东南部等，培育出了大麦、小麦、绵羊、山羊和黄牛；在中南美洲，即今天的墨西哥和秘鲁西海岸，培育出了玉米、马铃薯、红薯、花生、南瓜、西葫芦和辣椒，以及驼羊与荷兰猪；在非洲，撒哈拉沙漠的两端，则为人类贡献了高粱和毛驴。
在距今5000至4000年，当粟和家猪成为中国黄河流域先人们主要食物来源的时候，起源于西亚的谷物和家畜品种小麦、绵羊和黄牛也来到了中原地区，赵志军称呼它们为中国古代农业发展过程中乃至华夏文明形成过程中的“X变量”。
小麦起源于西亚地区，根据赵志军团队的研究，大约在距今4000年前后，在黄河上游的西北地区、中游的中原地区、下游的山东地区，以及东北的西辽河流域地区都突然出现了小麦的种植。赵志军认为，小麦应该是通过欧亚草原大通道来到中国的，是发生在距今四五千年的“古代食物全球化”的重要内容。
相比粟和黍，小麦的种植技术更为复杂。小麦诞生在夏天干燥炎热、冬天阴冷潮湿的地中海气候区，而黄河流域属于夏天多雨炎热、冬季干燥寒冷的东亚季风气候区，小麦传入中国后当然会“水土不服”，尤其是中国北方地区的春旱，每年开春之后都需要人工浇水。小麦的传入，使得中国历史上第一次出现了必须依赖灌溉的农作物。农田水利工程的修建需要大量的劳动力，这就不仅要求社会能够生产出足够多的粮食，还需要社会具有官僚机构才能集中调配和管理。
小麦传入中国后，在北方地区很快得到普及。在距今3800年左右的二里头文化遗址中，小麦的出土量只占到不足1%，可是到了商代早期的二里岗时期，即距今3500年左右，小麦的出土数量突然增加，达到了10%～20%，已经成为仅次于粟和黍的重要粮食作物。赵志军告诉本刊记者，早在距今6000多年前，南方的水稻就已经传至中原地区，但一直没有大规模推广开来，小麦是中华文明形成之前最新鲜的变量。
在赵志军看来，一直到工业之前，小麦都堪称世界第一粮食作物，世界主要的古代文明都与小麦有关。在来到中国之前，小麦已经从西亚出发，先是传播到邻近的非洲，滋养了尼罗河畔的古埃及文明，此后又传至印度河流域，培育出古印度文明，而小麦的起源地本身就是美索不达米亚古代文明的诞生地。
黄牛是几乎与小麦同时经过欧亚大通道来到中国的。考古研究已经证明，黄牛最早起源于西亚的土耳其。中国社科院考古研究所的吕鹏博士曾经对发现在不同区域的黄牛遗存进行系统研究，他告诉本刊记者，与小麦的轨迹类似，黄牛也是在距今5000至4000年前突然出现在中国的，从最先少量出现在黄河上游的甘肃，到后来大量出现在中原地带，自西向东呈递增趋势。
黄牛的角色，首先是作为人类的肉食来源，因为从遗留下来的遗骸可以看出，大量黄牛在成年之前就被宰杀了。同时，黄牛的饲养业对农民提出了更高的要求，研究者推测，最初单个家庭可能无力饲养黄牛，而是需要更复杂的社会组织来完成。
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